位于东京西部的巨大“学园都市”。在总人口达230万人，国产其中约8成是学生的这座都市中，国产实施着超能力开发的特殊课程，学生们的能力被给予从“无能力Level 0”到“超能力Level 5”的六阶段评价。高中生上条当麻，也是住在学园都市的学生之一。他由于隐藏在右手中的力量——只要是异能之力，就连神的加护都能消除的“幻想杀手Imagine Breaker”，而被评价为名落孙山的“无能力”，过着充满不幸的人生。而上条的学生生活，由于暑假开始时从天而降的纯白修女而发生了巨大的变化。自从与逃离“魔法”世界的她——“禁书目录茵蒂克丝”相遇开始，上条就被卷入了各种各样的事件中。统率学园都市的“科学”方、与茵蒂克丝关联的“魔法”方，在惊险地解决双方事件的过程中，他的人际关系也逐步扩展。之后，魔法一方的十字教最大宗派罗马正教，终于注意到上条的存在……。如同呼应魔法方一般，科学方的学园都市也有所动作。但也有与逐渐开始对立的世界动向抗争的人不断出现。那些通过与上条有所关联，而使命运大为改变的“英雄”们。他们挺身而出与世界对峙。如同上条当麻做过的那样。科学与魔法第三次交织之时，故事将大幅推进！！
回复 :在亚美斯多利斯期间，爱德华・艾尔利克（朴璐美 饰）和弟弟阿尔方斯（钉宫理恵 饰）遭遇了还有两个月就可以刑满释放的越狱犯梅尔文（森川智之 饰），结果发现对方拥有不输于艾尔利克兄弟的强大炼金术。根据梅尔文在监狱留下的蛛丝马迹，兄弟二人前往西方的大国古雷达调查。在这里他们的火车遭到神秘黑蝙蝠的袭击，同时也遇到了梅尔文寻找的少女茱莉亚・克莱顿（坂本真绫 饰）。一番混乱之后，他们相继来到位于地下的贫困之镇米洛斯。米洛斯是大国夹缝中的牺牲品，而她的人民也决定利用圣星的利用重新复兴祖国与民族……本片根据荒川弘的漫画原著改编。
回复 :本应由于交通事故（!）导致人生轻易闭幕的游戏迷家里蹲·佐藤和真，事出偶然地带着女神·阿库娅转生到了异世界。“在如同RPG游戏一样的异世界，享受憧憬已久的冒险者生活！目标是勇者！”像这样兴奋了还没多久，转生而来的和真就尽是遇到倒霉的事情。 麻烦制造机废柴女神·阿库娅，重度中二病魔法使·惠惠，妄想停不下来的女骑士·达克妮丝，和真与空有高超能力值却无比残念的这3人组队，欠下一屁股债，涉嫌颠覆国家罪而遭到审判，讨伐魔王军干部，偶尔还会死一死…… 这样的某一天，突然跑来的红魔族少女·悠悠的一句爆炸性发言，让和真等人当场石化。“我想要和真先生的孩子！”问明原因，原来惠惠和悠悠的故乡“红魔之里” 目前正濒临灭亡的危机。追在出发前去拯救村落的悠悠后面，和真等人向着红魔之里出发，但——！？向和真小队袭来的最大危机！平凡的冒险者和真度过的异世界生活，未来究竟会怎样！？
回复 :BD第七卷所含特典动画短篇。