《超级机器人大战·原创世纪》的背景是新西历，欧洲人类正式开始进出宇宙2世纪，欧洲但因为2次大型陨石的坠下，人们的生活还是维持在21世纪初。到了新西历179年，第3颗陨石“流星3(メテオ3)”坠落于南太平洋的マーケサズ群岛海面。地球连邦政府经过调查，发现是由人类未知的技术制造的物体，这种地球以外的技术被称为EOT(Extra over technology)。地球连邦政府组成了“EOT特别审议会”和“EOTI机关”进行调查。然后EOTI机关的代表比安博士发表了研究结果，表示地球有被宇宙以外的生命体侵略的危机。从此，人型机动兵器：Personal Trooper的研究开始了。
风云组合
回复 :在一片宁静的丛林里，在人类的行迹之下，掩藏着一个生机勃勃、热闹非凡的昆虫世界。一只瓢虫遭遇丛林各色虫类追赶，又闯入红黑蚂蚁的战争现场，亲身见证一场昆虫界的“特洛伊攻城”。影片想象力天马行空，不断抛出新的昆虫物种及各色设计感丰富的道具，在银幕上走马观花，笨拙的蜘蛛、卖萌的瓢虫、精明的蚂蚁，轮番登场，教人目不暇接。整部影片没有对白，以3D形式呈现出昆虫王国的微观世界，动画与实景拍摄结合，创造与好莱坞动画趣味大有不同的法式动画大片。
回复 :艾米特（克里斯·帕拉特 Chris Pratt 配音）是乐高世界中一个普通到没有存在感的建筑师，他每天精神饱满，乐观向上，按照说明书的指示从事一天的活动。某天收工后，他意外掉入一个深洞，后背还黏了奇怪的东西，随后就被兼具凶暴和善良两面的警察（利亚姆·尼森 Liam Neeson 配音）带走问话。原来统治乐高世界的生意王（威尔·法瑞尔 Will Ferrell 配音）对那些极富创造力的小人极为不满，他讨厌不同系列的乐高世界相互交叉，更讨厌脱离了说明书独辟蹊径的发明创造。因此他将所有世界隔开，囚禁了那些创意大师，还策划着一场可怕的阴谋。艾米特危机时刻被露西（伊丽莎白·班克斯 Elizabeth Banks 配音）救下，并被先知维特鲁维斯（摩根·弗里曼 Morgan Freeman 配音）认定为救世主。暴风雨般的迫害袭向创意大师们，想象力贫乏的艾米特能否担此重任？
回复 :童年时期的一个盛夏，女孩子面码（茅野爱衣 配音）死于意外。这件突如其来的死亡事件，深深刺痛了她的五个儿时玩伴——仁太、安鸣、雪集、鹤见子以及波波。六人组成的秘密基地“超和平Busters”就此解散，活着的五人带着无法弥补的创伤各自疏远各自长大。十年后，面码居然以一种只有仁太能看见的形式，带着一个想要实现的愿望回来了。本剧场版从面码已经在五个伙伴的帮助下“成佛”讲起，在面码完成心愿消失一年后，仁太他们五人重聚，各自给面码写信，回忆去年夏天发生在“超和平Busters”六人身上的奇迹。
