知名舞台剧女演员牧树里这日收到怪盗基德的预告信：默多谋杀在26个字母的盘旋飞舞中，默多谋杀他来拜领无价的“命运的宝石”。毛利小五郎受到牧树里委托将信件分析，认为基德将在演出最后一晚前来盗取宝石，当晚他及柯南、小兰等人来到剧场，那里早有诸多警察守候。令柯南吃惊的是，基德竟扮成工藤新一出现在众人面前，但他及众人方向不同的紧张过后，宝石并没被盗，柯南醒悟字母预告信与航班相关。而柯南、小兰、牧树里及其同事搭乘的前往北海道的飞机上，尚有一起杀人计划正被精心设计。
回复 :故事发生在抗日战争时期，杭州湾地区新四军建立红色通道并由此组织人员在浙东地区进行敌后游击战。杨来西年纪虽小但是灵巧机敏，作为侦通班的战士屡次打探到重要敌情，帮助浙东人民打击日伪军。
回复 :故事发生在喜马拉雅第三工业高中内，相马镜（赤羽根健治 配音）是一名眼镜爱好者，他对身边任何事物的热爱都无法超越对眼镜的热爱。在升上了高中之后，他顺理成章的组建了眼镜舍，成为了社长，并且热衷于游说各路眼镜男，来加入他这个一听名字就非常可疑的古怪社团。平日里温文尔雅，但经常会突然暴走的镰谷光希（宫田幸季 配音）、非常喜欢吃甜点，做任何事情都温温吞吞的钵岭拓磨（田丸笃志 配音）、看上去不好接近，但个性其实意外的温柔的三锅友纪也（诹访部顺一 配音）、性格大大咧咧，完全无法解读周围气场的木全隼人（木村良平 配音），在社长的努力之下，眼镜舍很快就被这些眼镜男们塞满了。
回复 :柯南和小五郎等拉着大队，来到位于太平洋中的美丽小岛“神海岛”渡假。这座岛屿自古已有流传，大概有关沉没于海底的古代遗迹“海底宫殿”，及300年前两名女海盗遗留下来的宝藏传说。小兰和园子不惧流传，在“海底宫殿”附近潜水时，意外遇到一大群正在寻找宝物的猎人，不料其中一人突然遭鲨鱼攻击，不幸身亡！小兰和园子幸运逃难，柯南见那位猎人死状诡异，与灰原一起展开调查。柯南认为猎人之死，跟宝藏传说有着莫大关系，他试图解开背后原因，“海底宫殿”的谜题一直系绕在他的脑海中。他找到了一组神秘名词“Jolly Roger(海盗旗)”后，满以为有所起色，猎人却突然现身，并偷走了原来发现的宝藏！小兰和园子落在猎人的魔掌之中，性命危在旦夕！隐藏于传说中的讯息是什么？“海底宫殿”有什么秘密？穿越300年时光的暗号，柯南誓要逐步解开迷题
