徐风收到了海博大学的入学通知书，节传这所大学曾是他爸爸、节传妈妈的母校，也是他梦想的名牌大学。在海博大学的一间实验室里，徐风和青梅竹马的伙伴邱雨见到了古教授，至此徐风和邱雨才得知，徐风父母的失踪以及他们神奇地开启了异度空间的过程。为了解救自己的父母，阻止时空崩塌，徐风他们开始了寻找晶石和陀螺战士的艰难历程，他们开动脑筋、消除误会、争分夺秒，不断战胜幽龙长老派来的“魔行者”，最终，在异度空间正义长老莫能长老和古教授的帮助下，徐风、邱雨、董雷、伊电曈、耿焱5位陀螺战士终于找到所有晶石，通过古教授制作的时空转换器，来到深层异度空间并奇迹般完成了“空间归宿”终极陀螺招术，与异度空间魔派的长老幽龙展开终极对决，最后战胜幽龙，解救了徐风的父母，阻止了时空的崩塌，世界的毁灭。也使魔行者魔心变回了心，通过晶石的力量把异度空间回到了原来的样子。
回复 :嘉味田正一（田丸笃志 配音）是一个极为平凡的高中二年级男生，有着一本正经的外表，却常常会陷入脑洞大开的幻想之中。在填完志愿调查表后，正一忽然察觉到自己已经站在了人生的分叉路口前，对未来产生了无限的希冀和稍许的不安。乐观开朗的班级偶像常木耀（佐仓绫音 配音）、正一的青梅竹马桃乃今日子（木村珠莉 配音）、态度强硬内心却十分温柔的桧山水羽（井泽诗织 配音）、柔弱内向缺乏自信的上崎真诗（三上枝织 配音）、身手矫健的足球健将宫前透（下地紫野 配音），在青春的最后时光里，正一会和这些性格迥异的女孩子们发生怎样的故事呢？
尼尔扬
回复 :童话世界迎来了怪物和人类和平共处的新时代。但上一轮危机的始作俑者巴罗在进入黑暗大门后，被激活了身体内隐藏的神秘血脉。远古基因残存的记忆驱使巴罗去带领远古怪物们向人类复仇，巴罗彻底解开了在上一轮激战中，从黑暗大门的裂缝里逃逸出的三个怪物的封印，他们的能力苏醒，开始大肆破坏城市。猪猪侠震惊之余，得知自己的爸爸巴罗竟然是怪物的首领，决定找到爸爸，让他改邪归正。在已经走上歧途的父亲面前，猪猪侠没有选择助纣为虐，而是决定用亲情呼唤父亲的本心，终于让迫在眉睫的危机再一次消除。
回复 :原作的特别篇中描绘的，追加了L和怀米斯小屋的孩子们对话的场面。本篇从月通过高田向基拉代理中的魅上可命令的状态开始。因此，从一开始海砂就没有笔记本的记忆。月，TV演出的基拉反对派，魅上照全部肃清的场面追加。第三本的笔记小故事全部被省略，随之发生了以下的变更点。只有在影片开头(包括尼娅的回忆场面)和夺回照片、绑架高田时才有出现。黑手党和死神都不登场。SPK成员的大量杀戮从梅洛和黑手党变成了基拉(月从美国总统那里敲诈成员名单，高田将其传达给魅上并让他写在笔记本上)。夜神总一郎已被排除在搜查之外，虽然他还活着，但他不会登场。伊尔-拉特的名字和肖恩-丹利比的本名的设定复活。(本人和TV系列一样，只是SPK的成员)。梅洛将自己调查的基拉信息经由丽德纳提供给了尼亚，尼亚在梅洛取回照片之前确信笔记本上的规则是假的。(梅洛脸上的烧伤是存在的)尼亚与夜神月的首次接触是在与高田幽会之后的手机通话。同时，此时也在呼吁其他搜查人员。高田知道X基拉的真正身份是魅上。马特在原作及TV系列中被绑架到高田时被杀害，但在SP版中却只字不提。随着原作及TV系列中高田知道梅洛本名的情节被删除，追加了高田拥有死神之眼的设定。除去月的日本搜查本部的成员，和包含尼亚的SPK的成员认知琉克的描写被删除，故事在一次都没有见面的情况下进行。最后追加了相泽和松田发现月之遗体的场面，魅上和月之遗体分别放映的片段。
