突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，骏马世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他，骏马却见到名为“使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下，特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下，并将其带往碇元渡所统领的NERV总部。但迎接真嗣的，却是是父亲冷酷地命令：驾驶称为“EVA”的巨大人型机器人与使徒战斗。本已表示拒绝的真嗣，看到重伤的替补驾驶员绫波丽后，决定遵从父亲的命令。就这样，从未受过作战训练的真嗣，准备驾驶EVA初号机迎战使徒。世界的命运托付在了一位年仅14岁的少年身上，而“第二次冲击”所隐藏的“人类补完计划”似乎也开始了行动。掌握一切答案的碇元渡，却只是不动生色地观察，仿佛一切早已写入剧本。
回复 :和我们一起，继续成长的物语。阿良良木历的物语结束了。以地狱般的春假为开端，历经各种因缘际会，阿良良木历高中生活最后的一年结束了——原本是这么想的。但就在毕业典礼结束的第二天早晨，发生了意想不到的事态。历，迷失到了镜中的世界。这是，既非高中生也非大学生，处在这种时期的阿良良木历所体验的，终结之继续的物语。高中毕业典礼的第二天早晨。准备洗脸而面向洗脸台镜子的历，陷入了被映在那里的自己盯着看的感觉。他不由得用手触碰镜子，于是手指尖就这样陷了进去……。回过神来，历已经身处一切都反转过来的世界中。
回复 :就学于天青学园的少年，龙崎希罗。他因为出乎意料的原因得到了神秘的手机。手机中有着超人气电子卡牌游戏「影之诗」。与对手们相遇，挑战大赛，与同伴间的牵绊。通过影之诗收获的东西，促成了希罗的「进化」。
回复 :主人公游城十代在前往决斗学院的入学考试途中，与传说的决斗者武藤游戏相遇，并接受了武藤游戏的一张卡片。但是十代最终迟到并错过了考试。为此十代恳求克洛诺斯教授让他通过考试，并由此展开了决斗者之路。