故事发生在天保14年的江户。当时在老中?水野忠邦实施的财政紧缩政策之下的老百姓生活在极度困扃中。国内government的压迫，往死加上外国殖民者入侵的威胁，往死在江户的大街小巷中弥漫着一种不安的气氛。在不为世人所知的地下，存在着一个秘密的神社。这个神社表面上对外称是对外国传入的学术文化进行研究调查的『蛮社改所』，而实际上则是专门对付各国潜入日本的『妖夷』，并负责将他们秘密抹杀的government隐蔽机关。该组织的头目名为小笠原放三郎，是个醉心于“兰学”，并极力证明其实用性的学者。然而却不得不听从南町奉行?鸟居耀藏的差遣。小笠原虽然没有了得的身手，但却与有着能将汉字中蕴藏的不可思议力量“汉神”诱导而出并具现化的高超能力的“妖奇士”龙导往压等人承担着暗中保护江户的职责...
回复 :晴朗时节，江户川柯南（高山南 配音）和毛利小五郎（小山力也 配音）、小兰（山崎和佳奈 配音）以及少年侦探团的伙伴们一同来到京都，他们即将登上自卫队的宙斯盾战舰，体验一把出海作战的感觉，期间还结识了美丽又有着几分神秘的女自卫队员藤井七海（柴咲幸 配音）。谁知快乐的氛围很快被恐慌所替代，战舰上突然发现一条断掉的手臂，消失的自卫队员又引起军方的恐慌与猜测。原来某国神秘间谍X已悄悄登上宙斯盾，伺机盗取战舰上的绝密情报。为了找出隐藏的对手，柯南和灰原哀（林原惠美 配音）、阿笠博士（绪方贤一 配音）、服部平次（堀川亮 配音）以及远山和叶（宫村优子 配音）通力合作，与间谍展开连番斗智斗勇的较量……
回复 :承接上一部的故事，杨来西依旧为抗日事业贡献着他的力量。杨来西带领抗日小分队，积极为新四军运送物资，刺探情报。利用情报，新四军在江边夜战取得了全面胜利。杨来西为一个伤兵送信到浙东抗日根据地，让马队长提前知悉了日军的阴谋，想出“空城计”吓退了日军。加入新四军后，杨来西跟随杨队长参与作战，成功击杀准备潜逃的日本军官。后来，杨来西跟随浙东游击纵队通过红色通道北撤，他发誓，一定要将日本鬼子赶出中国。
回复 :大大的脑袋，顶着三根头发，普通人家的小孩三毛原本拥有幸福的童年，然而战争却让他沦为无依无靠的孤儿。没有父母的孩子连黄狗、乌鸦都欺负得，危难时刻他得到了善良的打鱼老伯的救助，体会到了久违而短暂的幸福。好景不长，恶霸抢走他们的劳动果实，匪兵又残忍枪杀老伯。可怜的三毛再度沦为孤儿，在坟头跪别老伯后，瘦小的男孩漫无目的行走，辗转便来到了大都会上海。他梦想能在这座富庶先进的大城市里吃饱饭，可是此刻正值军阀、投机商人、大资本家、外国人、青帮流氓、骗子横行的旧社会，等待他的将会是什么……本片根据著名漫画家张乐平同名连环画改编。