在战斗的最后取回了自己的世界，扑通扑通各自回到自己应在之处的Gatchaman=健、扑通扑通Tekkaman=城二、Polimar=武士、卡辛=铁也四人。但他们为了某个目的，而和笑一同再次跨越时空，降临同一个世界。那里，是威胁和平的人类之敌“恶魔党”大施淫威，与之对抗的Gatchaman率领的“科学忍者队”不停战斗的世界。但，在对于这个世界的样子感到违和感的他们面前，一个男人的身影出现了。那是科学忍者队的创设者南部博士。对本应相识的健露出诡异表情的南部，向英雄们说出了意想不到的话语。“看来你们似乎是我的敌人”……。此外，还有一个一直在楼顶窥视他们的身影。那是曾和健一同并肩对抗恶魔党的，科学忍者队No.2。其名为“神鹰乔”。四大英雄的全新激斗，将在银幕上拉开帷幕！