人类企图修改植物的遗传因子，草民以此达到控制植物的目的，草民而计划失败，树木则渐渐产生了思想，开始了无节制的生长，使得地球遭到了毁灭性的破坏。时间荏苒，在遭到树木袭击后，残留下的人类为求生存选择了和森林和平相处。直至一天，阿基德（胜地凉 配音）与好友凯因（滨口优 配音）偷偷溜进了禁忌之泉取水，在那里，阿基德发现了一个闪耀着光芒的东西，以及沉睡在其中的少女图拉（宫崎葵 配音），阿基德唤醒了沉睡的图拉，交谈中得知她是三百年前的人类。“中立都市”的人们十分友好的款待着图拉，但森林却像怪兽一样对她展开了攻击。就在此时，与森林敌对的都市“莱克那”来了一个自称来自过去的男人修那克（远藤宪一 配音），声称图拉是让世界恢复的关键，这究竟是怎么一回事呢？等待这他们的宿命又是什么……
回复 :八坂一（三瓶由布子 配音）是一位热爱科学的平凡少年，他坚信世界上的一切都可以用科学解释。然而，某一日，八坂一邂逅了名为岚山小夜子（白石凉子 配音）的神秘少女，她的出现以及随后而来的不思议事件颠覆了八坂一的全部世界观。两人的相遇令他们获得了穿越回过去的特殊能力，与此同时，女扮男装的上贺茂润（小见川千明 配音）、同样拥有穿越时空的能力的德国少女可雅（名冢佳织 配音）、一直追随着小夜子的墨镜男村田英雄（安元洋贵 配音）、痴情而又倔强的山崎加奈子（堀江由衣 配音）以及身世神秘的少女伏见弥生（野中蓝 配音），这些角色接二连三的出现在八坂一的身边。
狗毛
回复 :遭人追杀的源九郎（宫野真守 配音）和武藏坊弁庆（中田让治 配音）于深山之中偶然遇见了名为黑蜜（朴璐美 配音）的神秘女子，随着时间的推移，源九郎和黑蜜相爱了，目睹这一切的弁庆心中很是愤愤不平，然而他并不知道的是，黑蜜的真实身份，竟然是活了千年的吸血鬼。 在嫉妒心的怂恿之下，弁庆背叛了源九郎，投靠了敌人，使得源九郎身份暴露，遭到了敌方的追杀。身负重伤源九郎命不久矣，为了挽救爱人，黑蜜将源九郎变为了吸血鬼。然而，在仪式尚未完成之时，弁庆赶到，在误打误撞之中亦吞下了源九郎的血液。三人交织的复杂关系就这样一直延续，永远没有尽头。
蒋曦儿
回复 :ガーランドと出会い、自分たちの住む世界の真実を知り、そして屈辱を味わったあの日々から時を隔て、省吾は世間に背を向けるようにして暴走族の「トラッシュ」に身を寄せていた。世間は情報操作により戦時下とされ、事実、偽りの世界の外では侵略者デザルクとメガゾーンの激しい戦闘が展開されている。そんな時に全ての真実を知る唯一の人物である省吾は、以前Ｂ・Ｄと戦ったことが引き金となったのか、自暴自棄ともとれるような暴走行為を重ねていたのだった。いつものようにアジトで仲間たちと奔放な時を過ごす省吾。そんな時、彼は由唯との再会を果たす。しかし二人の間には、まるで見えない壁が大きく横たわっているかのような重い空気が流れていた。それは、理由も告げずに省吾が由唯の前から姿を消したからなのか。そんな時、突然ラジオからイヴのＳＯＳメッセージが流れてくる。イヴ…７Ｇのオペレーター…そしてガーランド。「よし、リベンジかましてやるぜ！」省吾はトラッシュのメンバーと共に軍部へと殴りこみをかける。失ったガーランドを奪い返すため、そして自分のために。いよいよメガゾーンは未来への迷走を始め、その混迷の色を強めていくのだった。