某天，莉莉柯南因感冒在家休息，莉莉期间接到了灰原哀的电话。原来灰原做出了APTX-4869的最新解药，虽然只是试制品，但一心恢复工藤新一身份的柯南仍然迫不及待赶往阿笠博士的实验室。服药后，新一终于回到原有状态，不过周遭的一切却似乎有所改变：博士院子里的树长高了，出现许多新的建筑物，体育老师变得苍老，班里的同学全是陌生面孔，甚至元太、光彦和步美也都变成高中生的模样。他找到同样变成高中生的灰原，得知自己在过去的10年里不断服用解毒药导致产生抗药性，最近5年已无法变会原有状态。失落的柯南无奈看着周遭的转变，更让他倍受打击的是，小兰决定放弃杳无音讯的新一而嫁给新出老师。他们的恋情亦梦以幻，何以为终……
回复 :知名舞台剧女演员牧树里这日收到怪盗基德的预告信：在26个字母的盘旋飞舞中，他来拜领无价的“命运的宝石”。毛利小五郎受到牧树里委托将信件分析，认为基德将在演出最后一晚前来盗取宝石，当晚他及柯南、小兰等人来到剧场，那里早有诸多警察守候。令柯南吃惊的是，基德竟扮成工藤新一出现在众人面前，但他及众人方向不同的紧张过后，宝石并没被盗，柯南醒悟字母预告信与航班相关。而柯南、小兰、牧树里及其同事搭乘的前往北海道的飞机上，尚有一起杀人计划正被精心设计。
回复 :故事发生在遥远的2035年，由于人口数量急剧下降，教学机构变得形同虚设，越来越多的人在学习和工作之间选择了后者。就是这样一个萧条的时代，一个名叫天宫学美（堀江由衣 配音）的可爱少女出现在了私立圣樱学园的校园中。这位与大环境格格不入，格外热衷于校园生活的少女，她能够一改校园中萎靡的风气吗？在学校里，学美结识了一群有趣的朋友们——天真懵懂的稻森光香（野中蓝 配音），活泼好动的上原睦月（井上麻里奈 配音），个性酷酷的卫藤芽生（平野绫 配音），天然呆大小姐小鸟桃叶（藤田咲 配音），在学美的影响下，原本消极的她们逐渐学会了珍惜只存在于校园中的，美好而又只能的友情。
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